وهي جامعات ماليزيا التي تعتمد بشكل مباشر على ميزانية الحكومة. وتعتبر من ناحية التكاليف أرخص من الجامعات الأهلية والجامعات الخاصة. وهي عادة ما تكون مجهزة بكل ما تحتاجه الجامعات من معامل وتشجع البحث العلمي فيها.

بالنسبة لرسوم الدراسة فيها فهي رخيصة نسبياً. وقد لا تتجاوز ألفين دولار للسنة الدراسية الواحدة. هذا بالإضافة إلى توفر السكن داخل حرم الجامعة، وتبنى في العادة على مائات الهكتارات من الأراضي.

القبول في هذه الجامعات صعب، لأن المنافسة بها كبيرة. وعادة ما يكون المطلوب للقبول فيها امور كثيرة والدرجات يجب أن تكون عالية بالإضافة إلى الخبرة العملية خصوصاً عند التقديم لمرحلة الماجستير او الدكتوراه.

من الجامعات الحكومية:

جامعة العلوم، جامعة كبنغنسآن الوطنية، جامعة بوترا، جامعة سلانغور، وغيرها من الجامعات.